Il card. Lanza di Montezemolo ha anche ricordato che "il programma di riordino del complesso della basilica di s. Paolo fuori Le Mura, con l’istituzione di una Commissione speciale voluta da Papa Giovanni Paolo II, fu avviato nel 2002 ed ebbe l’approvazione di Papa Wojtyla nel 2004. A seguito della sua scomparsa, venne ripreso da Papa Benedetto XVI che con un Motu proprio del 31 maggio 2005 stabilì alcune modifiche, tra le quali la soppressione della precedente amministrazione, l’inizio di una nuova gestione con la quale l’Abate continua a occuparsi della liturgia ordinaria della basilica, mentre l’arciprete di quella straordinaria". Il card. di Montezemolo ha poi ricordato che Papa Benedetto XVI ha rivisto lo statuto e denominazione delle 4 basiliche maggiori romane, che d’ora in poi non si chiameranno più ‘patriarcali’, ma ‘papali’". Il motivo di questo cambiamento ha spiegato "attiene alla storia della Chiesa e al fatto che erano legate ai Patriarchi Orientali cattolici, che ne erano titolari". Quanto ai lavori attorno al sarcofago, il dott. Giorgio Filippi, archeologo dei Musei Vaticani, ha spiegato che "è stato rimosso l’altare di S. Timoteo, del IV secolo, e realizzata una apertura di una finestrella che permetterà ai fedeli di vedere di fianco il sarcofago stesso. Inoltre è stato collocata una lastra trasparente sul pavimento che consentirà di vedere i resti dell’abside costantiniana".
