Nel corso dell’assemblea Comece sono stati affrontati diversi temi: le migrazioni, la politica di ricerca dell’Unione e le questioni bioetiche che essa implica, i futuri allargamenti, la politica energetica, il dialogo interculturale. Il presidente, mons. van Luyn, spiega che "dal 23 al 25 marzo 2007, parallelamente all’evento di Berlino, la Comece promuoverà a Roma un grande convegno sulle radici e sul futuro dell’Europa, cui prenderanno parte 450 invitati da tutto il continente. Sarà un incontro di taglio culturale" e di "respiro ecumenico". Nel testo approvato dalla plenaria dei vescovi "la pace viene considerata come un caposaldo della costruzione europea e come il suo fine principale puntualizza van Luyn al SIR -. E’ un’Europa di pace che avevano in mente i fondatori della Cee nell’immediato dopoguerra" ed essa conserva il suo "messaggio forte oggi", sia all’interno del continente sia sulla scena internazionale. A proposito della Turchia, il presidente Comece afferma: "Alla vigilia del viaggio del Papa in questo paese, vogliamo ricordare che l’Ue non si fonda sulle religioni. Essa è, in senso più ampio, una comunità politica basata sui valori", compresi quelli proposti dalle fedi religiose. "In tali principi si deve riconoscere ogni paese che intende far parte dell’Unione europea, Turchia compresa".